Kaut arī ir pierādīti Alpha–Stim lietošanas pozitīvie rezultāti un nekaitīgums, līdz šim precīzs fizioloģiskais CES darbības mehānisms vēl nav pilnībā izprasts, tas joprojām tiek intensīvi pētīts, un šai jomā nepārtraukti tiek veikti arvien jauni zinātniskie eksperimenti. Patlaban zinātnieki pieturas pie hipotēzes, ka CES netieši iedarbojas uz smadzeņu audiem hipotalāmusa apgabalā (augstākais veģetatīvo funkciju regulācijas, nervu un endokrīnās sistēmas koordinācijas centrs), tādā veidā pieradinot smadzenes ražot neirohormonus un neiromediatorus, līdz atjaunojas pareizs šo vielu līdzsvars smadzenēs.